Wieś Bednárec znajduje się na południowo-zachodnim skraju Wyżyny Czesko-Morawskiej w powiecie Jindřichův Hradec, 10 km na północny wschód od Jindřichův Hradec.
Wieś położona jest na północno-zachodnim zboczu nad doliną rzeki Žirovnička na wysokości 530 m n.p.m. Najwyższym punktem na terenie gminy jest wzgórze "Myslivna" na wysokości 592 m n.p.m., najniższym punktem jest Dolina Žirovnička na wysokości 475 m n.p.m. Terytorium katastralne gminy ma powierzchnię 781 hektarów.
Na terenie Bednáreca znajduje się kilka ciekawych miejsc, takich jak kaplica Marii Panny we wsi, kaplica pod wezwaniem św. Anny przy drodze na Kamenný Malíkov, krzyż kamienny „Na torach” i inne drobne zabytki sakralne. Na brzegach meandrów rzeki Žirovnička znajduje się rezerwat przyrody „Lipina”. Cechą szczególną jest przebieg linii kolejowej bezpośrednio nad naczepą wsi na kilkumetrowym nasypie. Z górnej części wsi, zwanej „Kopec”, rozpościera się piękny widok na bliższą i dalszą okolicę: Jindřichhohradecko, Kamenicko, ale także na Novohradské hory i Szumawę. Przy wyjątkowo dobrej widoczności widać też Alpy.
Na wschód od wsi znajduje się kaskada czterech pięknych stawów w Černým Lesie (Jílků malý, Šedivů, Obecní velgy i Obecní malý), pod tą kaskadą dalej na granicy obszaru katastralnego gminy znajduje się staw Holub.