Die erste Erwähnung von Veltrusy bezieht sich auf das Jahr 1052, aber nur die Informationen von 1226 können als zuverlässig angesehen werden. Es war ein Privileg von Přemysl Otakar I., das für das Kloster in Doksany bestimmt war.
Bis 1410 gehört das Dorf der Kirche. Spätere Besitzer auf den örtlichen Ländereien wechselten sehr schnell, oft war die Bebauung recht unklar. Seit dem 17. Jahrhundert ist das lokale Land, einschließlich Schloss Veltruský Chotků. Sie besaßen sie dann bis 1945. 1754 fand in Veltrusy die erste Industrieausstellung statt, an der auch Kaiserin Maria Theresia teilnahm.
Im Jahr 1899 wurde Veltrusy zu einer kleinen Stadt befördert, seit 1926 war Veltrusy eine Stadt, aber in den folgenden Jahren verlor es wieder sein Privileg. Erst 1994 wurde Veltrusy schließlich zu einer Stadt befördert.