Obec Bednárec leží na juhozápadnom okraji Českomoravskej vrchoviny v okrese Jindřichov Hradec, 10 km severovýchodne od Jindřichovho Hradca.
Obec sa rozkladá na severozápadnom svahu nad údolím riečky Žirovničky v nadmorskej výške 530 m.n.m. Najvyšší bod na území obce je vrch „Myslivna“ 592 m.n.m., najnižšie položené je údolie Žirovničky 475 m.n.m. Katastrálne územie obce má rozlohu 781 hektárov.
Na území obce Bednárec sa nachádza niekoľko zaujímavých miest, napr. kaplnka Panny Márie na návsi, kaplnka zasvätená sv. Anne pri ceste ku Kamennému Malíkovu, krížový kameň "Na dráhach" a ďalšie drobné sakrálne pamiatky. Na brehu meandrov riečky Žirovničky je prírodná rezervácia "Lipina". Zvláštnosťou je vedenie železničnej trate priamo cez náves obce na niekoľkometrovom násype. Z hornej časti obce, zvanej "Kopec", je krásny rozhľad na blízke i vzdialenejšie okolie: Jindřichohradecko, Kamenicko, ale aj Novohradské hory a Šumavu. Pri mimoriadne dobrej viditeľnosti je možné zahliadnuť aj Alpy.
Na východ od obce sa v Čiernom lese nachádza kaskáda štyroch krásnych rybníkov (Jílkov malý, Šedivov, Obecný veľký a Obecný malý), pod touto kaskádou ďalej na hranici katastrálneho územia obce leží rybník Holub.